La situación geográfica, la diversidad de alturas y las áreas naturales le han conferido a Huauchinango una condición climatológica de las más variadas del país.
La tierra fría se ubica entre los 1.500 y 2.000 msnm y la templada entre los 700 y los 1.500 msnm.
Los climas pueden identificarse como cálido, semicálido y templado frío. En primavera el termómetro registra una temperatura de 26 °C, que en mayo alcanza los 38 °C. Al inicio del verano se establece la temporada de lluvias, donde la temperatura desciende a los 30 °C. En otoño el clima frío se agudiza y registra 16 °C, pero la época de frío más cruda inicia en noviembre y perdura hasta febrero, en esta se llegan a observar temperaturas cercanas a los 0 °C. En enero 21 de 1983 ocurrió algo rarísimo y extraordianrio en una zona como esta nevo en Huahuchinango Puebla ocasionando muchas pérdidas en las zonas cafetaleras.
Por otro lado, se presenta un promedio anual de precipitación de 801 mm.
De acuerdo a los datos del INEGI, la vegetación cubre un 61 por ciento del territorio municipal y la selva un 27 por ciento del total de esta superficie.